Das Kontrollsystem ist mehrstufig und lückenlos. Damit werden alle Betriebe oder Unternehmen, die tierische oder pflanzliche Produkte erzeugen, aufbereiten, importieren oder mit dem Hinweis der ökologischen Herkunft vermarkten kontrolliert. Dies bedeutet, dass neben landwirtschaftlichen Bio-Betrieben auch Bio-Futtermittelhersteller und Gastronomie kontrollpflichtig sind.
Kontrolliert werden dabei alle Schritte von der Erzeugung bis zum Verkauf. Dazu gehören Produktions- und Verarbeitungsstätten, Lagerräume sowie die Buchführung und der Warenfluss. Bei Bio-Landwirten umfasst die Kontrolle unter anderem die Fütterung, das Haltungssystem sowie die Haltungsbedingungen der Tiere. Außerdem wird bei Betrieben, die einem Bio-Anbauverband angehören die Einhaltung der jeweiligen Verbandsrichtlinien kontrolliert.
Die Kontrollen werden in Deutschland von staatlich anerkannten, privaten Kontrollstellen durchgeführt. Die Kontrollstellen werden von der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) zugelassen und von den zuständigen Kontrollbehörden der einzelnen Bundesländer überwacht. In Baden-Württemberg ist das Regierungspräsidium in Karlsruhe für die Überwachung zuständig.
Die Unternehmen werden mindestens einmal jährlich, in der Regel nach Voranmeldung kontrolliert. Zusätzlich werden stichprobenartig und insbesondere bei Verdachtsfällen unangemeldete Zusatzkontrollen (ca. 20 % aller Kontrollen) durchgeführt. Werden alle Vorgaben eingehalten, erhält der Betrieb einen Prüfbericht sowie eine Bescheinigung, die ihm ermöglicht seine Erzeugnisse mit den Hinweisen "biologisch" oder "ökologisch" zu vermarkten. Verstöße gegen die Vorschriften führen zu Korrekturmaßnahmen im Unternehmen und erforderlichenfalls zur Information der belieferten Kunden sowie möglicherweise zu Sanktionen wie zum Beispiel Bußgelder oder Strafverfahren.
Mehr Infos zum Ablauf der Kontrolle in landwirtschaftlichen Bio-Betrieben